Theo đó, UBND Tp. Hà Nội đã ký quyết định cấp phép cho Cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam (chủ đầu tư dự án) thi công các công trình chỉnh trị sông, gồm cụm công trình chỉnh trị Phú Châu (huyện Ba Vì), cụm công trình chỉnh trị Vân Phúc (huyện Phúc Thọ), cụm công trình chỉnh trị Tiến Thịnh, vị trí thuộc đê tả Hồng (huyện Mê Linh), cụm công trình chính trị Hồng Hà (huyện Đan Phượng), cụm công trình chỉnh trị Liên Mạc, (huyện Từ Liêm), kè bảo vệ bờ Tàm Xá (huyện Đông Anh), kè bảo vệ bãi giữa Nhật Tân (quận Tây Hồ và từ huyện Đông Anh), cụm công trình chỉnh trị Mai Lâm (Đông Anh), cụm công trình chỉnh trị Phù Đổng, cụm công trình chỉnh trị Đổng Viên, cụm công trình chỉnh trị Kim Sơn (huyện Gia Lâm).

Với quyết định này, thời gian thi công các công trình chỉnh trị trên bắt đầu tư tháng 8/2013 và hoàn thành theo tiến độ của từng dự án. Chủ đầu tư dự án là Cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam chịu trách nhiệm về kết quả tính toán, kết quả thẩm tra hồ sơ thiết kế công trình để bảo đảm việc thi công, xây dựng 11 cụm công trình chỉnh trị sông nêu trên. Trong quá trình thi công, không làm ảnh hưởng đến an toàn đê điều, thoát lũ, bảo đảm ổn định bờ sông và hoạt động của các công trình khác ven sông.

Trước đó, Báo Pháp luật Việt Nam đã có loạt bài phản ánh công trình 25 triệu USD nắn dòng sông Hồng chưa được cấp phép vẫn được tiến hành thi công. Ngay sau đó, UBND Tp. Hà Nội có văn bản yêu cầu Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn kiểm tra và báo cáo sự việc. Đồng thời, Phó thủ tướng Hoàng Trung Hải cũng đã chỉ đạo Bộ Giao thông Vận tải làm rõ thông tin.

Công trình nắn dòng chảy sông Hồng qua Tp. Hà Nội với kinh phí đầu tư 25 triệu USD, đây là một hạng mục thuộc dự án Phát triển giao thông vận tải khu vực đồng bằng Bắc Bộ (dự án WB6) với tổng mức đầu tư hơn 201 triệu USD, trong đó 175 triệu USD là vốn vay Ngân hàng Thế giới và 30 triệu USD là vốn đối ứng của Việt Nam. Dự án do Cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam (Bộ Giao thông vận tải) làm chủ đầu tư.

Theo Việt Hưng