Thu, chi tài chính của NHNN về nguyên tắc thực hiện theo quy định của Luật ngân sách nhà nước, Luật Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, pháp luật về lĩnh vực tài chính, kế toán. Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 07/2013/QĐ-TTg ngày 24/01/2013 quy định về Chế độ tài chính của NHNN Việt Nam.

Thứ nhất, các hoạt động của NHNN luôn được quản lý chặt chẽ, thực hiện nghiêm túc quy định của pháp luật. Các khoản thu, chi (trong đó có thu, chi về nghiệp vụ mua bán vàng của NHNN) được kiểm soát thông qua.

Thứ hai về cơ chế kiểm soát nghiệp vụ: Cơ chế này được áp dụng trong tất cả các nghiệp vụ của NHNN để đảm bảo việc thực hiện nghiệp vụ được tuân thủ nghiêm túc, chặt chẽ, minh bạch. Riêng đối với nghiệp vụ đấu thầu vàng, NHNN đã thành lập Tổ triển khai đấu thầu vàng miếng gồm thành viên các Vụ, Cục, Sở của NHNN, đảm bảo thực hiện đúng quy định, quy trình, khách quan.

Thứ ba về kế toán, mỗi nghiệp vụ phát sinh và ghi vào sổ kế toán phải được kiểm soát từ người nhập dữ liệu từ chứng từ, người kiểm soát và người phê duyệt.

Thứ tư, vụ Kiểm toán Nội bộ (NHNN) có trách nhiệm giám sát, kiểm toán các nghiệp vụ phát sinh của NHNN, bao gồm các khoản thu nhập, chi phí. 

Hàng năm, theo quy định của Luật NHNN, Kiểm toán Nhà nước đều thực hiện kiểm toán Báo cáo tài chính và các hoạt động nghiệp vụ của NHNN. Thời gian qua, Bộ Tài chính cũng đã theo dõi sát các khoản thu chi từ hoạt động mua, bán vàng của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.

Tính đến ngày 25/9/2013, NHNN đã tổ chức 61 phiên đấu thầu vàng và bán ra 59,87 tấn vàng. Thu nhập từ bán vàng của NHNN sau 61 phiên đấu thầu (sau khi trừ chi phí liên quan) là 6.834 tỷ đồng. NHNN đã thực hiện quản lý, hạch toán, nộp NSNN theo đúng quy định của pháp luật và Quyết định số 07/2013/QĐ-TTg ngày 24/01/2013 của Thủ tướng Chính phủ.